Gen ifade veritabanlarında içerik tabanlı arama
Özet
Büyük ölçekli gen ifade veritabanlarında zaman serisi mikrodizi deneylerinin içerik
tabanlı aranması problemi ilk defa bu çalışmada araştırılmaktadır. Probleme bir bilgi
geri getirim görevi olarak yaklaşılmış ve bir deneyin tamamı sorgu olarak ele alınıp
önceki deneyler içerisinde aranmıştır. Metadata (üstveri) açıklamalarından daha
ziyade içerik benzerliğine göre uygun deneylerin veri tabanı içerisinden bulunup
getirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı parmak izi oluşturma yöntemleri ve
uzaklık hesaplama şemalarının karşılaştırılması çeşitli zaman noktaları içerisindeki
genlerin farklı ifade olma durumlarına dayalı geri getirim çatısı üzerinden
sunulmuştur. Bizim oluşturduğumuz veri tabanı üzerinde yapılan tüm deneyler için,
sonuçlar Pearson Bağıntı Katsayısı ve Tanimoto Uzaklığı’nın Öklid Uzaklığına göre
farkı ifadeye dayalı parmak izlerinin karşılaştırılmasında yaklaşık %15 daha iyi
olduğunu göstermektedir.