Dizilim verisinden mikroRNA fonksiyon tahmini

Abstract

Gelişen teknolojiyle birlikte bilimsel çalışmalar da hız kazanmıştır. Bu durum bilimsel çalışmaların sayısını arttırıp, elde edilen sonuçların başka çalışmalarda kullanılma oranını yükseltmiştir. Dolayısıyla kusursuz verilerle ve zaman kaybını minimize ederek çalışmak önemli bir hal almıştır. Özellikle kanser gibi bütün insanlığı önemli ölçüde etkileyen hastalıklarla ilgili çalışmalarda bu durum daha da önem kazanmıştır. Kanser çalışmalarındaki ilerlemeler, mikroRNA adı verilen kısa RNA dizilerinin kanserle ilişkili olduğunu ispatlamıştır. Bu durum mikroRNA’lar üzerinde yapılan deneylerin artmasına ve ilgili veri tabanlarına bir çok veri eklenmesine sebep olmuştur. Bu veriler her ne kadar özenle elde ediliyor olsa da, bazen eksik ya da yanlış olarak kaydedilebilmektedir. Ayrıca yapılan ölçümler mikroRNA’ların keşif hızına yetişememekte ve araştırmacılar bu ölçümlerin yapılmasını beklemek zorunda kalmaktadır. Bu çalışma ile mikroRNA ların gen ifadelerinin, bilgisayar destekli yöntemlerle tahmin edilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda gen ifadesi aranan mikroRNA’nın, ifadesi bilinen mikroRNA’ların promotör kısımları ve transkripsiyon faktörler arasındaki ilişkiden faydalanarak ifadesinin tahminine çalışılmıştır. Çalışmada lineer regresyon, KNN regresyon ve RVM regresyon yöntemleri uygulanmış ve sonuçların doğruluğu Spearman ve Pearson doğrulama yöntemleriyle değerlendirilmiştir. Değerlendirmeler sonucunda RVM regresyon yönteminin yüksek başarı sağladığı görülmüştür. Bu çalışma dizilim verisinden mikroRNA ifadesi tahminine yönelik ilk çalışma olduğundan, sonraki çalışmalara ışık tutması bakımından önemli bir yere sahiptir.